1276 – Construção de uma ermida de invocação a Nossa Senhora do Funchal; nessa ermida foi colocada uma imagem que apareceu no local; instituição da Confraria de Nossa Senhora da Encarnação do Funchal;

1500 – no local da antiga ermida já havia uma outra capela, pois a antiga havia sido destruída por um incêndio;

1504 – existia junto à capela uma albergaria e um hospital para os peregrinos;

1535 – o Papa concede uma “Breve”, para que o padre pudesse administrar os sacramentos e levantar a pia baptismal;

1536, 6 Junho – criação da paróquia de Nossa Senhora da Encarnação da Ameixoeira, sendo edificada a igreja com essa invocação no local da antiga capela; a antiga capelinha é desanexada da Igreja Matriz do Lumiar e do Convento de Odivelas; o padre passa a usar o título de cura;

1539 – o Papa concede uma nova bula, mandada cumprir pelo Cardeal D. Henrique;

1541, 16 Outubro – o Papa Paulo III determina que a Confraria de Nossa Senhora da Encarnação da Ameixoeira passa a ter “a obrigação de no dia 24 de Junho, dia de São João Baptista, entregar um Cirio à Igreja do Lumiar, ou a importância de 200 réis em dinheiro, como sinal de filiação”; construção do adro; desanexação da paróquia da do Lumiar;

1559 – Tomás de Barros, Comendador da Ordem de Cristo, manda edificar a capela de Senhor Jesus Crucificado;

1561 – o cura Sebastião Ribeiro manda fazer o lavabo da sacristia;

1573 – o Arcebispo de Lisboa, D. Jorge, assina novo compromisso com a Confraria;

1589 – edificação da Capela do Santíssimo Sacramento pelo fidalgo Manoel Vieira da Maia;

1593 – a Confraria passa a chamar-se de Nossa Senhora da Encarnação da Ameixoeira;

1621, 22 Março – “Breve de Indulgências Perpéctuas” concedida à Confraria, pelo Papa Gregório XV;

1664 – ampliação ou mesmo reedificação da primitiva igreja, por alvará régio de D. Afonso VI;

1681 – por alvará de D. Pedro II, ainda regente, foi concedida a autorização ao juiz da Confraria, o desembargador Luiz de Foios de Souza, para fazer as obras do arco cruzeiro, retábulos colaterais e capela-mor;

1682, 16 Março – carta do Governador, confirmando a doação pelos Condes do Vimioso, das terras para ampliação da capela-mor e adro;

1682 a 1685 – obras de edificação da capela-mor, pagas com esmolas de D. Pedro II e, especialmente, as de D. Miguel de Portugal, 7º Conde de Vimioso;

1688 – é pago ao azulejador a quantia de 16$500, pela colocação de azulejos na nave; é a custa do desembargador Gonçalo Mendes de Brito, que foi feito o retábulo-mor;

1688, 13 Maio – a Condessa do Vimioso doa à Confraria, uma casa que havia sido um lagar de vinho e o respectivo quintal, para que se fizesse a tribuna da igreja;

1690 a 1695 – é Juiz da Confraria o Dr. Mendo de Foios Pereira, secretário de estado de D. Pedro II, que manda revestir as paredes da capela-mor com talha semelhante à da tribuna; a madeira veio de Cascais e a carrada custou; pagamentos feitos ao entalhador, Manuel Álvares, pelas obras do arco cruzeiro e dos painéis;

1697 – douramento do retábulo pelos pintores José de Sousa Figueiredo, o Coxo, João Carvalho, Jerónimo da Costa e António da Cunha Cidrão;

1698 a 1700 – é juiz da Confraria D. Frei Pedro de Foios, irmão do Bispo de Bona, Mendo de Foios Pereira, tendo como escrivão Francisco de Morais Cabra​l;

1702 – pintura do tecto em brutesco por António da Serra, Caetano de Almeida, Manuel do Monte e Manuel Dias;

1710 – após quatro anos sem juiz, é eleito o Bispo de Hipónia, D. Frei António Botado, irmão do Bispo de Bona e do antigo juiz;

1724 – Domingos de Sousa de Miranda, capitão-mor de Mafra, compra as terras que haviam sido doadas pela Condessa do Vimioso, para a construção da tribuna; o novo proprietário cria diversos conflitos com a Confraria, o que levou a que o Capitão-mor de Mafra mandasse construir um muro que ia do seu quintal à casa do reitor, tapando algumas janelas da igreja;

1726 – o título de cura é substituído pelo de reitor, sendo também comissário do Santo Ofício; é eleito juiz, o pároco Joseph Nunes Vieira; escultura da imagem de Santo António com o Menino por Manuel Dias;

1727 – reinstituição da Irmandade das Almas;

1734, 15 Agosto – assento para a obras na igreja, sendo estas executadas mais tarde, após a Irmandade ter reunido o dinheiro necessário para as fazer; é reforçada a parede O., com pegões de alvenaria, pois esta encontrava-se em risco de cair; são feitas diversas obras, nomeadamente, é levantado o muro do adro, são arranjadas as janelas e colocadas grades, são feitos os púlpitos, a balaustrada da nave, são colocados azulejos em redor do púlpito, do lado do Evangelho, é colocada a cruz na empena da capela-mor e são arranjados os telhados;

​1750 – José Luís, Procurador da Confraria de Nossa Senhora da Encarnação, manda colocar sinos na torre;

1755, 1 Novembro – o terramoto causa significativos danos na igreja, derrubando a fachada principal e causando estragos diversos no resto da igreja; reconstrução da igreja a expensas do reverendo José Nunes Vieira;

1758, 13 Abril – nas Memórias Paroquiais, assinadas pelo pároco José Nunes Vieira, é referido que a igreja se situa no lado O. da povoação, rodeada por adro, tendo por orago Nossa Senhora da Encarnação, anterior Nossa Senhora do Funchal, por se encontrar a imagem sob umas funcheiras; tem cinco altares, o mor com o Santíssimo e a imagem do orago; o colateral do Evangelho é dedicado a Nossa Senhora da Rosa e o oposto a São Pedro; na igreja, duas capelas, a do Evangelho dedicada a Nossa Senhora da Piedade e a oposta ao Crucificado, esta bastante profunda, ambas com administradores particulares; o pároco é reitor apresentado pela Confraria de Nossa Senhora do Funchal e Encarnação, tendo de renda 100$000 anuais; a Confraria administra uma hospedaria de peregrinos;

1760 – como atesta data epigrafada no portal principal, ficaram concluídas as obras de da fachada e da torre; foi pintada a cobertura da capela-mor e os retábulos colaterais foram colocados em cantoneira;

1766 – obras diversas, sendo o administrador da obra, o comendador Frei José Bernardes da Silva; o custo da obra foi de 1.422$946; foram colocados azulejos na sacristia e mudou-se a pia baptismal da capela do Santíssimo, para o compartimento debaixo da torre; parte da antiga torre, que se encontrava em ruínas devido ao terramoto, foi demolida e fez-se a casa do azeite;

1768 – o interior ainda estava em obras; colocação dos azulejos do coro-alto;

1777 – os padres da igreja passam a usar novamente o título de curas;

1818 – construção do cemitério nas traseiras da igreja;

1819 – conclusão do cemitério;

1819, 17 de Janeiro – é feito o último enterramento na igreja, sendo sepultado, junto ao arco cruzeiro, o Cura José António Morais Sarmento;

1827 – o rendimento da Albergaria Hospital não excedia os 5$000; algumas dependências do edifício eram alugadas ou emprestadas a pessoas de fracos recursos;

1831, 15 Setembro – o rei D. Miguel confirma a fusão das Irmandades de Nossa Senhora da Encarnação e do Santíssimo; existiam também as Irmandades do Nome de Jesus das Almas e a de Nossa Senhora do Rosário;

1840 – arranjo dos sinos pela firma Bela e Irmão;

1859 – os párocos da igreja passam a usar o título de Prior;

1883 – a paróquia vende a antiga Albergaria ao Sr. José Joaquim Vieira da Silva, que a transformou numa adega;

1891, 8 Março – acta da Mesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento e de Nossa Senhora da Encarnação, dando conta da necessidade de se efectuar obras na igreja, cemitério e casa paroquial;

1909 – são feitas obras na igreja, a mando do Prior Francisco Paula da Fonseca, sendo retiradas parte das ossadas que lá se encontravam e postas aleatoriamente no cemitério;

1914 – é derrubado o cruzeiro do adro e roubada a cruz de cobre da porta do cemitério;

1972 – o cemitério é desactivado e construído o salão paroquial e casa mortuária, no local onde este se encontrava, por iniciativa do padre José Paixão Damásio;

1992, 2 Fevereiro – é inaugurado o novo carrilhão;

1998, Janeiro – elaboração da Carta de Risco do imóvel pela DGEMN.

1993, 30 Novembro – Classificação como Imóvel de Interesse Público pelo Decreto n.º 45/93.

2010 – início da construção do novo Centro Paroquial e Social.

2012 – inauguração do novo Centro Paroquial e Social.

2024 – (re)descoberta do túmulo dos fundadores da igreja na nave esquerda e construção de vitrina para que este possa ser visto pela comunidade.